O uso de terras agrícolas para biocombustíveis reduz a área disponível para produção de alimentos. Isso aumenta a pressão para desafectar mais terras (por exemplo, a desflorestação) - um processo conhecido como "mudanças indirectas no uso da terra" (sigla inglesa ILUC).

A identificação do nemátode do Pinheiro em Portugal levou à definição de um conjunto de medidas tendo em vista o controlo desta praga, que inclui o estabelecimento de uma área de quarentena, a definição de zonas-tampão e a imposição de limitações à circulação de material lenhoso.

A floresta representa um sector de importância estratégica para o País. O carácter multifuncional da floresta, com as suas funções económica, social e ambiental implica no entanto a aplicação de políticas adaptadas que manifestamente não têm existido nas últimas décadas. A fragmentação da propriedade associada ao ciclo económico de longa duração desta actividade, que comporta riscos elevados, não se coadunam com a demissão sucessiva dos governos face às suas responsabilidade na condução de políticas dinamizadoras deste sector.

As boas intenções iniciais da maioria deste Parlamento claudicaram mais uma vez aos interesses económicos das multinacionais de biotecnologia.
Foram retirados pontos essenciais da proposta inicial, tais como o princípio da coexistência e a introdução de zonas limpas entre países vizinhos, subvertendo e enfraquecendo o princípio da precaução.